托马斯从迷宫中逃脱后,与其他“奔跑者”来到了一座看似安全的避难所。然而,平静很快被打破,他们发现这里并非真正的安全之地。原来,一种名为“闪焰症”的病毒正在肆虐,人类面临着巨大的生存危机。托马斯等人得知,他们被WCKD组织利用,成为了实验对象。为了寻找真相和真正的安全之所,托马斯带领伙伴们再次踏上冒险之旅。途中,他们遭遇了各种危险,有被病毒感染的“丧尸”,还有来自WCKD组织的追捕。在不断逃亡中,团队内部也出现了分歧,但托马斯始终坚定信念,努力保护着同伴,最终他们能否摆脱困境,找到新的希望,一切充满了未知。