尼奥从看似平静的生活中醒来,却时常被奇怪的梦境和记忆碎片所困扰。他在一家游戏公司工作,负责开发《黑客帝国》系列游戏续作,可内心总有种不真实感。崔妮蒂也在另一种生活中,有着自己的家庭和工作,但同样被莫名的感觉纠缠。原来,他们一直处于新的矩阵系统中,机器为防止他们觉醒,不断用虚假记忆和生活麻痹他们。 墨菲斯以新的形象出现,引导尼奥和崔妮蒂重新认识真相。他们开始反抗矩阵的控制,在充满危险与挑战的虚拟世界和现实世界间穿梭。面对强大的机器势力,尼奥再次展现出救世主的能力,与崔妮蒂携手冲破重重阻碍,最终打破新的矩阵枷锁,为人类的自由而战。